Kong Valdemar den Store (Tidstabel) ejede i starten af 1200-tallet godset, men gav det videre som sin part af medgiften ved datterens bryllup med kong Erik af Sverige. Deres datter, Ingeborg, arvede godset som ved hendes død blev delt mellem hendes tre børn. Børnenes følgende giftemål resulterede i, at både Valdemar Atterdag og Niels Absalon, søn af Skjalm Hvide, nåede at eje godset indtil Roskilde bispestol 1410 skødede Knabstrup "til en Hæderlig Førsteinde Margrethe, med al Godses Tilliggende som er Ager og Eng, Skov, Fiskevand og Fægang" dvs. dronning Margrethe I. Hun solgte den 1431 videre til Poul Pedersen Laxmand, der sad i Rigsrådet. I de følgende 200 år var det udelukkende betydningsfulde mennesker fra aristokratiet tæt på kronen, der ejede herregården. Svenskekrigene tog imidlertid hårdt på den danske adel, og ejeren J. Parsberg måtte derfor i 1685 sælge Knabstrup til baron Wittinghoff. Ejerne skiftede hurtigt, i 1745 kom godset i hænderne på den nye embedsadel ved købmanden, der havde ladet sig adle, Johan Castenskiold. 1763 købtes godset af krigsråd Jørgen Jørgensen, hvis enke giftede sig med Jørgen Hjelmkrone, der i 1776 gik fallit, hvorefter godset kom på auktion.

Salget i 1776 synes at blive det sidste, hvad angår slægtskifte, idet den daværende køber cand. theol. Chr. Ditlev Lunn er stamfader til den slægt, der siden har ejet herregården. C.D. Lunn bragte Knabstrup Herregård på fode igen ved en samling og udskiftning af bøndergodset. Ved hans død i 1814 overtog sønnen major Villars Lunn Knabstrup, og det var ham, der opdrættede den kendte hesterace Knabstrupperne.

Herefter fulgte 1865 hans søn Frederik Lunn, stifteren af Knabstrup teglværk, og derefter dennes søn Sigismund Lunn. Han døde 1929, og det besluttedes af Knud Lunn i 1931 at drive Knabstrup som et slægts-aktieselskab. Formålet hermed var at bevare gården for slægten.